ดังนั้น อันตรายจึงสูงกว่า นอกจากจะเป็นอันตรายต่อร่างกายของคุณแม่แล้ว ทารกในครรภ์ยังได้รับผลกระทบอีกด้วย หากคุณแม่มีอาการท้องเสียระหว่างตั้งครรภ์ ความอ่อนล้า ความอยากอาหารและความอ่อนเพลียของมารดาอาจทำให้ทารกในครรภ์ขาดสารอาหาร เติบโตช้า อาการท้องร่วง  และแย่กว่านั้นคือทารกตายในครรภ์ ดังนั้นกรณีท้องเสียระหว่างตั้งครรภ์หากไม่รีบรักษาจะเป็นอันตรายมาก หลายกรณีที่เกิดจากภาวะฉุกเฉินช่วงปลาย ซึ่งต้องใช้ยาและยาปฏิชีวนะหลายชนิดในการรักษา อาจทำให้คุณแม่แท้งบุตรได้ หรือความพิการแต่กำเนิดก็สูงกว่าปกติมากเช่นกัน